متحف قسم الجيولوجيا(Geology Museum ) :

• مجموعة الملك فاروق :
  قامت حكومة الثورة بإهدائها إلى قسم الجيولوجيا حيث تحتوى على 250 عينة من مقتنيات الملك فاروق من المعادن والصخور والحفريات الفقارية واللافقارية وبعض الظواهر الجيولوجية فى صحارى مصر .
• مجموعة المعادن والصخور :
  وتضم عينات نموذجية من المعادن والصخور قام بجمعها الألمانى كرانتز حيث تحتوى على أكثر من 500 عينة من المعادن و600 عينة من الصخور النارية والرسوبية المتحولة .
• مجموعة جيولوجية مصر :
  تحتوى على 300 عينة من الحفريات الكبيرة والدقيقة حيث تضم معظم شعب المملكة الحيوانية ومجموعة من الحفريات النباتية .
• مجموعة الحفريات والتتابع الحفرى:
  تحتوى هذه المجموعة على أكثر من 600 عينة من الحفريات العالمية المرشدة لمراحل العمود الجيولوجى وتحتوى على أكثر من 300 عينة من الحفريات اللافقارية .
• مجموعة الجمعية المصرية لعلم الرسوبيات :
  تحتوى على أكثر من 300 عينة للأنواع المختلفة للصخور الرسوبية وأهميتها الاقتصادية بمصر ودورها فى تقويم الحضارة المصرية وقام بإعدادها أ.د/ سليمان محمود سليمان .
• مجموعة الأستاذ الدكتور/ حيدر عنان :
  قام بإهدائها أ.د/ حيدر سليم عنان العضو السابق بالقسم وتحتوى على حوالى 200 عينة تمثل أنواعا مختلفة من الصخور والمعادن الاقتصادية والحفريات .

متحف قسم علم الحيوان (Zoology Museum):

• مجموعة اللافقاريات :
  يوجد بها أكثر من 160 عينة من اللافقاريات تشمل مجموعة الجوفمعويات والديدان بأنواعها ومفصليات الأرجل والقشريات والرخويات والجلدشوكيات . كما توجد مجموعة مرجعية من فونة البحر الأحمر تم جمعها أثناء دراسة التنوع البيولوجى فى محمية رأس محمد بخليج العقبة وتشمل مجموعة كبيرة من الأسماك البحرية (45 عينة) والشعب المرجانية ( 152 عينة ) والقشريات والرخويات والجلدشوكيات .
• مجموعة الفقاريات:
  تشتمل مجموعة الفقاريات على خمس طوائف أساسية هى الأسماك والبرمائيات والزواحف والطيور والثديات وتقدر بأكثر من 500 عينة لتشمل الأسماك العظمية والغضروفية والبرمائيات والزواحف بأنواعها المختلفة من سحالى وثعابين وسلاحف وتماسيح وكذلك مجموعة كبيرة من الطيور مع نماذج من أعشاشها المختلفة وكذلك مجموعة من الثدييات التى تشمل حيوانات الكونجارو والقردة والذئاب والهياكل العظمية . كذلك يشتمل المتحف على نماذج مجسمة لتركيب المخ وتطوره فى جميع الطوائف الحيوانية وتركيب العين والأسنان والكليتين وأيضا عينات محفوظة لأجنة الإنسان والحيوانات المختلفة .
• مجموعة واصف المرجعية :
  أسس هذه المجموعة المرحوم الأستاذ الدكتور/ كمال ميخائيل واصف وهى تضم عدة مئات من الثدييات الصغيرة التى تم جمعها من المناطق المختلفة لجمهورية مصر العربية على مدى الخمسين عاما الماضية . وتضم المجموعة عينات من كل رتب القوارض والخفاشيات وآكلات الحشرات وآكلات اللحوم والأرانب والوبريات . وقد تم حفظ بعض هذه العينات على هيئة جلود أو هياكل عظمية أو فى محاليل حافظة . ويتم إضافة ما يجمع من ثدييات خلال الرحلات الحقلية البحثية إلى المجموعة باستمرار .
  وتمثل هذه المجموعة مرجعا هاما للباحثين والدارسين من كل الكليات .

متحف قسم علم النبات (Botany Museum):

• البيئات النباتية المختلفة ( طحالب - نباتات لازهرية - نباتات زهرية - حفريات نباتية - نباتات الأودية - بيئة الواحات.....الخ ).
• الكساء الخضري العالمي والتكوينات النباتية ( كساء التندرة - الغابات النفضية - غابات المناطق المعتدلة - غابات المناطق الاستوائية - مناطق السافانا والمراعى - المناطق الصحراوية ) .
• المجتمعات النباتية المصرية.
• التعاقب في النبت.
  ويتيح المتحف اطلاع الطلاب علي المعروضات طوال ساعات النهار لوجوده في صالات القسم المفتوحة.

متحف قسم علم الحشرات (Entomology Museum):

• المجموعة المرجعية البحثية :
  تعتبر من المجموعات الرئيسية فى مصر حيث تحتوى على أنواع حشرية عديدة من الرتب وقد جمعت من مناطق مختلفة وعلى مدار فترة زمنية تتجاوز المائة عام ( 1900 ـ 2002 ) حيث تخدم هذه المجموعة أغراض البحث العلمى من رسائل ماجستير ودكتوراه وبحوث بالإضافة إلى تعريف الأنواع الحشرية لكافة الأغراض ويصل عدد هذه العينات إلى حوالى 60 ألف عينة تقع فى ألفين نوع حشرى وهذه الأنواع محفوظة بداخل عدد 11 دولاب خشبى.
• تحتوى هذه المجموعة على :
  حوالى خمسين ألف عينة حشرية محفوظة بداخل 13 دولاباً خشبياً وهى حشرات مصنفة .
• المجموعة المهـــداة :
  تحتوى هذه المجموعة على عدد من الأنواع الحشرية النادرة والتى تم إهداؤها للقسم من مناطق مختلفة من العالم ( دول حوض البحر المتوسط ـ النمسا ـ ألمانيا ـ اليابان ـ ليبيا ـ المملكة العربية السعودية ) .
• مجموعة اللوحات :
  تحتوى هذه المجموعة على عدد كبير من اللوحات والرسومات الجيدة والتى تستخدم فى المحاضرات والدروس العلمية بالقسم .